I restauri      

La prima fase di restauro ha interessato nel 1999 la parte principale dell'invaso. Si è trattato fondamentalmente di un restauro conservativo degli affreschi con una limitazione massima della reintegrazione pittorica, che è consistita nel riequilibrio cromatico delle lacune, facendo in modo che queste non prevalessero sulle immagini.
I restauri hanno permesso anche la riscoperta di una gran parte del patrimonio iconografico, che era precedentemente illeggibile.
Un altro criterio che ha guidato questo restauro è stato quello di restituire all'invaso l'aspetto originario di una cripta-grotta, mutato in seguito agli interventi settecenteschi. Si è cercato quindi di trattare la roccia non affrescata rispettando tutte le sue caratteristiche con le fessure e le cavità utilizzate anticamente per la collocazione delle lampade.
Questa prima fase, oltre al recupero degli affreschi ha previsto anche interventi sulla struttura del monumento, ad esempio con il ripristino totale del pavimento solare.
La seconda fase del restauro si è svolta nel 2003 e ha riguardato gli affreschi presenti nell'endonartece. I criteri che hanno guidato i restauri sono simili a quelli della fase del 1999, anche perché coordinati dalle stesse restauratrici, dottoresse Januaria Guarini e Brizia Minerva.
Attualmente, dopo tredici anni dal primo restauro, la cripta di Santa Cristina necessiterebbe di un nuovo intervento quanto meno di pulitura dai sali, altrimenti si rischia di far scomparire per sempre opere di inestimabile valore che hanno avuto la forza di resistere ai secoli.