Pianta

1 - Endonartece
2 - Naos
3 - Bema o vima
4 - Ingresso principale bizantino
5 - Ingresso secondario bizantino
 
L'invaso 

La cripta bizantina di Carpignano faceva parte di un complesso di ambienti scavati nel banco roccioso affiorante, complesso che prevedeva non solo il luogo di culto, ma anche anfratti, usati come abitazioni, e un trappeto ipogeo riportato alla luce e visibile nel largo antistante.
L'anfratto che ospita la cripta potrebbe essere anteriore, anche di molto, al IX–X secolo, data a cui risalgono gli affreschi più antichi. L'ambiente potrebbe essere stato adattato in seguito — appunto in età bizantina (seconda dominazione) — a luogo di culto e abbellito con gli affreschi.
La denominazione oggi comunemente e definitivamente accolta dagli studi è Cripta di Santa Cristina; la Santa è infatti la patrona indiscussa, in quanto è raffigurata per almeno sette volte. La denominazione di Cripta delle Sante Marina e Cristina, voluta dai primi studiosi, è completamente superata, poiché le due immagini bizantine attribuite a Marina si sono rivelate essere di Cristina e di un arcangelo. La denominazione ufficiale di Chiesa della Madonna delle Grazie, susseguente alla ridedicazione latina della cripta alla Vergine (presumibilmente alla fine del Quattrocento) sopravvive più che altro nella toponomastica locale.
L'attuale aspetto della cripta è quello prodotto dalla ristrutturazione settecentesca, che ne ha modificato profondamente la struttura, ma ha fortunatamente conservato buona parte degli affreschi. L'ambiente attualmente si presenta diviso in due sezioni, una più grande, che è la chiesa-cripta vera e propria, l'altra più ristretta, il cosiddetto endonartece, una sorta di vestibolo interno, destinato ai catecumeni e ad usi cimiteriali. Nella sezione più grande, l'unico pilastro tufaceo superstite segna la divisione tra la zona sacra, detta in greco vima, da quella destinata ai fedeli, il naos.