La cripta delle SS. Marina e Cristina di Carpignano Salentino risale al IX-X secolo e rappresenta una pietra miliare nello studio dell'arte medievale del Salento. La presenza di affreschi firmati e datati, costituisce un fatto di incredibile importanza e inestimabile valore, in quanto consente di paragonare le pitture di Carpignano  con gli affreschi conservati presso le altre cripte sparse sul territorio e rapportare, quindi, la produzione pittorica salentina con quella delle aree soggette un tempo all'influenza di Bizanzio. La Cripta è interamente scavata nel morbido banco tufaceo che anticamente ospitava altri ambienti destinati ad usi abitativi e lavorativi. L'attuale struttura è frutto dei rimaneggiamenti apportati   con il definitivo passaggio dal rito greco a quello latino (XVIII sec.). Le modifiche, che hanno permesso di riportare alla luce alcune tombe (irrimediabilmente spogliate dei loro corredi funerari) hanno in parte falsato la lettura originaria della cripta.  Se ne deduce che la cripta in origine si presentasse come un ambiente angusto, più basso e in penombra, un vero percorso dello spirito per il fedele che doveva "inchinarsi" per entrare dal basso ingresso originale. L'impianto si presenta diviso in due ambienti, l'endonartece dedicato a Santa Marina e avente funzioni cimiteriali e il naos destinato ai fedeli e dedicato a Santa Cristina, diviso a sua volta dall'iconostasi e dal vima, ambiente al quale potevano accedere solo i sacerdoti durante la preparazione del rito. La cripta è ancora oggi custode di parte degli affreschi che un tempo decoravano, oltre alle pareti, anche il soffitto e che seguono un arco cronologico che abbraccia interamente la seconda dominazione bizantina (867-1070 d.C). I restauri effettuati nel 1999 hanno ridato la giusta dignità a ciò che rimane della decorazione pittorica.